نخستین کسی که در باره وجود اتم حدس هایی زده بود دموکریت در 500 سال قبل از میلاد مسیح(ع ) بود اما در همان موقع نظریه وی مورد تایید قرار نگرفت و به فراموشی سپرده شد بعد ها دالتون نظریات دموکریت را تایید و گسترش داد سپس تامسون هندوانه ای خودر ا پیشنهاد کرد و بعد از آن رادرفورد و نیل بوز نظریاتی را در باره اتم پیشنهاد دادند.

اما مساله ای که وجود دارد اعراب دوره جاهلیت فقط ذرات ریز را که از به هم چسبیدن مولکول ها بوجود آمده بود می توانستند ببینند و در آن دوره میکروسکوپی برای مشاهده مولکول ها یا اتم ها وجود نداشت اما خداوند به خوبی در سوره یونس آیه 61 به خوبی به وجود ذرات کوچکتر از آنچه مردم آن دوران می دیدند اشاره می کند:

وَمَا تَکُونُ فِی شَأْنٍ وَمَا تَتْلُو مِنْهُ مِن قُرْآنٍ وَلاَ تَعْمَلُونَ مِنْ عَمَلٍ إِلاَّ کُنَّا عَلَیْکُمْ شُهُودًا إِذْ تُفِیضُونَ فِیهِ وَمَا یَعْزُبُ عَن رَّبِّکَ مِن مِّثْقَالِ ذَرَّةٍ فِی الأَرْضِ وَلاَ فِی السَّمَاء وَلاَ أَصْغَرَ مِن ذَلِکَ وَلا أَکْبَرَ إِلاَّ فِی کِتَابٍ مُّبِینٍ ﴿۶۱﴾

و در هیچ کارى نباشى و از سوى او [=خدا] هیچ [آیه‏اى] از قرآن نخوانى و هیچ کارى نکنید مگر اینکه ما بر شما گواه باشیم آنگاه که بدان مبادرت مى‏ورزید و هم‏وزن ذره‏اى نه در زمین و نه در آسمان از پروردگار تو پنهان نیست و نه کوچکتر و نه بزرگتر از آن چیزى نیست مگر اینکه در کتابى روشن [درج شده] است (۶۱)

در این آیه خداوند اشاره می کند که هیچ ذره ای حتی اتم ها ویروس ها باکتری ها در سراسر جهان از دید او مخفی نیستند و صریحا اشاره می کند ذرات کوچکتر از ذره ای که مردم ممکن بود بتوانند در آن زمان با چشم ببینند نیز وجود دارد.در زمان پیامبر(ص) هیچ میکروسکوپی وجود نداشت که مردم بتوانند به وجود ذرات کوچکتر را ببینند و این آینه نیز جزو معجزات علمی آشکار قرآن کریم به حساب می آید.معنی این آیه علاوه بر اتم می تواند به سایر ذرات میکروسکوبی مانند باکتری ها و ویروس ها نیز دلالت بکند ولی چون کلمه ذره در آیه آورده شده است به نظر می آید منظور همان اتم باشد.

همچنین اتم دارای دو قطب متضاد مثبت و منفی است که بار الکترون منفی و بار نترون مثبت است قرآن در چندین جا به این مساله نیز اشاره کرده است:

«سبحانَ الّذی خَلَقَ الاَزواجَ کُلَّها مِمّا تُنبِتُ الاَرضَ وَمِن اَنفُسِهِم وَمِمّا لا یعْلمون؛ پاک است آنکه جفتها را سراسر آفرید چه در آنچه از زمین می‌روید و چه از خود مردم و چه جفت‌هایی که از آن خبر ندار ند». (سوره شعراء، آیه 7)

سُبْحَانَ الَّذِی خَلَقَ الْأَزْوَاجَ کُلَّهَا مِمَّا تُنبِتُ الْأَرْضُ وَمِنْ أَنفُسِهِمْ وَمِمَّا لَا یَعْلَمُونَ

پاک [خدایى] که از آنچه زمین مى‏رویاند و [نیز] از خودشان و از آنچه نمى‏دانند همه را نر و ماده گردانیده است ۳۶ یس

در این آیات نیز قرآن در مورد چیزهایی اشاره کرده است که در آن زمان مردم در باره آن نمی دانستند و در زمان رسول اکرم(ص)اتم و بارهای آن کشف نشده بود و این آیات بر این مساله نیز می توانند دلالت بکنند.

در مورد اتم حضرت امام جعفر صادق(ع) نیز فرمودند:

جهان از یک جرثومه بوجود آمد و آن جرثومه دارای دو قطب متضاد سبب پیدایش ذره گردید و آنگاه ماده بوجود آمد و ماده تنوع پیدا کرد و تنوع ماده ناشی از کمی یا زیادی ذرات آنها میباشد.(امام جعفر صادق مغز متفکر جهان اسلام مرکز مطالعات اسلامی استرانبورگ) که اگر این حدیث واقعیت داشته باشد بطور دقیق با کشفیات علم امروز در باره اتم ها مطابقت دارد.